La dirección del FOSIS corresponde a un Consejo que es la autoridad superior del Servicio.
Dentro de las funciones del Consejo están:
a) Ejercer las atribuciones, cumplir y hacer cumplir las funciones que den dirección a FOSIS.
b) Aprobar el programa anual de acción y el proyecto de presupuesto del FOSIS y sus modificaciones.
c) Delegar parte de sus funciones y atribuciones en el director ejecutivo, en los demás funcionarios del FOSIS, y, para efectos específicos, en comités donde participen consejeros, funcionarios o incluso personas ajenas al Consejo.
d) Aprobar la organización interna del FOSIS y sus modificaciones;
e) Designar personal directivo y profesional hasta el grado 8° de la Escala Única de Remuneraciones del Sector Público.
f) Adoptar todos los acuerdos que sean necesarios para el buen funcionamiento del Servicio.