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La dirección del FOSIS corresponde a un Consejo que es la autoridad superior del Servicio.
 
Dentro de las funciones del Consejo están:
a) Ejercer las atribuciones, cumplir y hacer cumplir las funciones que den dirección a FOSIS.
b) Aprobar el programa anual de acción y el proyecto de presupuesto del FOSIS y sus modificaciones.
c) Delegar parte de sus funciones y atribuciones en el director ejecutivo, en los demás funcionarios del FOSIS, y, para efectos específicos, en comités donde participen consejeros, funcionarios o incluso personas ajenas al Consejo.
d) Aprobar la organización interna del FOSIS y sus modificaciones;
e) Designar personal directivo y profesional hasta el grado 8° de la Escala Única de Remuneraciones del Sector Público.
f) Adoptar todos los acuerdos que sean necesarios para el buen funcionamiento del Servicio.
 
 
 
Integrantes del Consejo

El consejo, actualmente, está compuesto por:
 
- Javiera Toro Cáceres, ministra de Desarrollo Social y Familia, quien lo preside.
- Francisca Perales Flores, subsecretaria de Desarrollo Regional y Administrativo.
- Antonia Orellana Guarello, ministra de la Mujer y Equidad de Género.
- Rosa Devés Alessandri, rectora de la Universidad de Chile.
- Karen Palma Tapia, vicepresidenta de la Mujer e Igualdad de Género, CUT.
- Gianina Figueroa Ipinza, presidenta de UNAPYME.
- Andrea Repetto Lisboa, Presidenta de la Fundación Superación de la Pobreza.